Les traités interétatiques portant sur la coopération transfrontalière prévoient souvent la constitution d’une commission mixte intergouvernementale dont le but est d’échanger des informations et d’élaborer des recommandations à l’intention des autorités nationales. Les autorités régionales sont ainsi à même de présenter et de faire valoir leurs positions communes auprès de leurs autorités nationales respectives.

Il existe deux catégories de commissions mixtes intergouvernementales:

- les commissions consultatives: elles règlent d’une manière générale les questions de voisinage qui se posent dans une région frontalière. L’échange d’informations et la formulation de recommandations à l’intention des gouvernements respectifs constituent l’essentiel de leur travail.

- les commissions spéciales: elles traitent de thèmes spécifiques et clairement délimitées.

Jusqu’ici, deux commissions consultatives à vocation générale ont été créées au niveau interétatique. Il s’agit de:

• la Commission mixte consultative franco-suisse pour les questions de voisinage entre la République et canton de Genève et les départements de l’Ain et de la Haute-Savoie
• la Commission intergouvernementale franco-germano-suisse pour la coopération transfrontalière dans la région du Rhin Supérieur

Les deux pôles urbains de Bâle et de Genève ont joué un rôle de pionnier en matière de coopération régionale transfrontalière. Ils ont montré que cette coopération doit s’adapter aux conditions et aux exigences spécifiques de chaque région. A Bâle, l’impulsion en faveur de la création de structures de coopération a été donnée par l’économie privée. A Genève, en revanche, la nécessité d’une concertation renforcée a été ressentie en premier lieu par les pouvoirs publics. Les efforts déployés au niveau de la région ont conduit, à Bâle comme à Genève, à la constitution de commissions mixtes intergouvernementales.

La coopération transfrontalière se révèle être un instrument particulièrement utile lorsqu’il s’agit de trouver des solutions à des problèmes concrets. Les échanges culturels, les unions tarifaires dans le domaine des transports publics, la protection de l’environnement, en particulier celle des eaux, et l’aménagement du territoire en sont des exemples. Il existe aujourd’hui une quarantaine de ces commissions intergouvernementales spécialisées. Généralement, leur champ d’activités est clairement délimité. Elles se réunissent en fonction des besoins et leurs compétences sont définies dams des accords bilatéraux.