Il existe, dans toute la Suisse, un réseau d’organismes de coopération régionale transfrontalière. De tels organismes ont notamment été créés pour les régions suivantes:

• Rhin supérieur
• Lac de Constance
• Grisons
• Tessin
• Valais
• Région du lac Léman
• Arc jurassien

La Confédération est en général représentée dans ces organismes par le Département fédéral des affaires étrangères (DFAE) qui y siège en qualité soit d’observateur, soit d’hôte permanent. Les thèmes traités sont en premier lieu ceux qui relèvent de la compétence des cantons, comme les transports, la protection de l’environnement, les infrastructures et l’aide en cas de catastrophe.

Bien des domaines de la coopération au-delà des frontières politiques nécessitent la conclusion d’accords entre la Suisse et les pays voisins. Ces accords ont conduit à l’institution de commissions intergouvernementales. Il existe deux catégories de commissions mixtes intergouvernementales:

• les commissions consultatives: fondées sur des traités interétatiques, elles règlent d’une manière générale les questions de voisinage qui se posent dans une région frontalière. L’échange d’informations et la formulation de recommandations à l’intention des gouvernements respectifs constituent l’essentiel de leur travail. Les commissions mixtes n’ont aucune compétence décisionnelle. Il existe à l’heure actuelle deux commissions consultatives, l’une pour l’agglomération de Genève et l’autre pour celle de Bâle. Le DFAE en assure le secrétariat.
  
• les commissions spéciales: fondées sur des accords bilatéraux, elles traitent de thèmes spécifiques et clairement délimités. Elles se réunissent selon les besoins. Le DFAE est membre de quelques unes de la quarantaine de commissions spéciales créées jusqu’ici.